海安经济技术开发区设10个职能机构：
一、党政办公室（区域治理现代化指挥中心、网格化服务管理中心、组织人事局、审计办公室）。负责机关日常事务和综合协调；负责文秘、机要、保密、信息、档案、外事、法治及后勤等工作；负责园区机关事业单位的党建和群团工作；负责组织人事、机构编制工作；负责区和街道的绩效考核工作；负责审计工作；负责区域治理现代化指挥中心和网格化服务管理等工作；承办党工委、管委会交办的其他事项。
二、经济发展局。统筹区内经济发展工作；制定区工业经济发展战略及年度计划，并分解落实、监督执行；负责区工业经济运行监测、分析、统计等工作；负责区产业政策制定，指导和推进产业基地和战略性新兴产业、各类企业的培育与发展，协调解决企业发展过程中遇到的困难和问题；协调组织实施有关国家、省、市重大技改项目，以先进适用技术改造提升传统产业；承办党工委、管委会交办的其他事项。
三、科技和人才工作局。负责科技管理工作；拟订科技创新发展规划、年度计划并组织实施，指导企业科技创新和技术进步，推进相关科研成果产业化；组织实施产学研合作和知识产权保护工作；编制人才发展规划和年度人才工作计划，制定人才政策并具体组织实施；组织、协调人才引进、培养、奖励和管理等工作；组织各类人才项目申报工作；指导和考核全区人才工作；承办党工委、管委会交办的其他事项。
四、财政局。负责编制区财政收支预算，经批准后组织实施；负责区内公共财政建设、国有及集体资产的监管等工作；负责区内建设资金安排、调度、筹集和资金平衡工作；负责区内行政事业单位财务管理工作；负责政府性投融资项目的监督管理，负责政府性债务管理工作，做好土地出让金管理工作；负责街道预决算草案审核、经费拨付工作；承办党工委、管委会交办的其他事项。
五、建设局。负责总体规划、控制性详细规划及相关专项规划等编制、执行工作；负责道路、桥梁、绿化、管线、路灯、给排水等工程的建设管护工作；负责社会事业、民生实事工程的规划建设等工作；负责做好除村、社区实施的基础设施项目外的建设工程管理；负责统筹和指导街道开展征收安置工作；负责区内生态环境相关工作的统筹协调和监督指导；承办党工委、管委会交办的其他事项。
六、招商局。负责制订招商引资、开放型经济相关政策和计划并组织实施；负责区内企业外贸进出口工作推进；负责专业招商工作管理及组织推进；负责开拓和联络国内外招商资源，收集、跟踪项目信息；负责客商接待、投资咨询和项目前期调研、谈判签约以及招商推介等工作；负责做好项目落户过程中的协调、服务等工作；负责市场化招商的管理和运作；承办党工委、管委会交办的其他事项。
七、投资促进局（重大项目推进管理办公室）。负责投资服务环境、政策、产业发展的研究；负责投资促进统筹协调、组织管理、要素协调、推进落地等；负责重大项目管理和项目建设推进等；承办党工委、管委会交办的其他事项。
八、现代服务业局。负责现代服务业的发展工作；负责制定服务业发展的中长期规划和年度计划；负责服务业经济统计、运行监测、分析等工作；负责服务业生产运营的协调、服务工作；负责制定和组织实施促进服务业发展的政策措施，综合协调服务业发展中的重大问题；负责区内商贸（粮食）流通、旅游等工作；承办党工委、管委会交办的其他事项。
九、安全生产监督管理局。负责区内的安全生产监督管理工作。负责安全生产推进落实监督管理，综合协调全区性安全生产检查、专项整治、专项督查和考核等工作；指导协调和监督检查区内各街道、各行业主管部门安全生产监督管理工作；负责辖区内安全、消防等相关基础设施投入保障及生产安全事故上报、协调救援工作；负责区内安全生产宣传教育和培训工作；负责区内安全生产工作各类数据报送工作；负责完成上级安全生产监督管理部门赋予的其他工作任务；按规定做好消防相关工作；承办党工委、管委会交办的其他事项。
十、行政审批局。负责区内行政审批和政务服务工作；履行相关行政许可职能；负责开发区政府采购、建设工程招投标等公共资源交易活动的组织、管理、服务；负责牵头区内各类审批项目的相关组织推进和监督检查工作；承办党工委、管委会交办的其他事项。
按有关规定设立纪检监察、人民武装和工会、共青团、妇联等组织。
同时，设立专业园区管理委员会：
一、设立江苏海安商贸物流产业园党工委、管委会。主要职责：负责制定商贸物流园区内产业发展规划并组织实施；负责区内基础设施建设和项目的招引落户、规划审核、用地服务及企业的安全生产等工作；承办上级交办的其他事项。设5个内设机构，分别为：党政办公室、规划建设局、经济发展和社会事业局、招商局、财政局。
二、设立江苏海安保税物流中心管理委员会（与江苏海安商贸物流园管理委员会合署办公）。主要职责：贯彻落实国家、省有关法律法规和方针政策，制定、发布并组织实施中心的有关规定及相关运作制度；负责编制中心的建设发展规划，并负责组织实施；负责协调和配合海关、税务、检验检疫、外汇、金融、工商等有关部门和其他驻中心单位开展工作，协调有关事务；负责中心对外招商引资工作，统筹产业布局；负责中心内的入驻企业设立、变更、撤销等单证的审核和转报；负责推动电子商务服务体系建设，推进中心公共信息平台建设，发布公共信息，整合信息资源，实现信息共享；承办上级交办的其他事项。
三、设立海安市上湖创新区（中意海安生态园）党工委、管委会。主要职责：负责上湖创新区（中意海安生态园）机关及下属单位党的建设、精神文明建设、民主法治建设等工作；负责上湖创新区（中意海安生态园）规划编制和建设管理工作；负责上湖创新区（中意海安生态园）经济发展、科技创新、人才集聚等工作；负责上湖创新区（中意海安生态园）招商引资、招才引智等工作；负责上湖创新区（中意海安生态园）财政财务管理和国有资产管理等工作；负责上湖创新区（中意海安生态园）投资和招引项目建设工程的安全生产监督管理工作；承办上级交办的其他事项。设4个内设机构，分别为：党政办公室、经济发展和科技局（财政和资产管理局）、投资发展局、建设和生态保护局（社会事业局）。
四、设立海安经济技术开发区高科技创业园管理办公室。负责园区的产业规划建设与管理工作；负责园区科技项目引进、孵化及加速；负责园区高层次创新创业人才的引进和服务工作；负责园区产业研究院、技术转移中心、科研检测机构等平台的引进、建设、管理和服务工作；负责园区科技项目、技改项目、知识产权的组织申报、管理和服务工作；负责园区科技成果推广、转化和展示工作；负责园区企业产学研推进、协调服务和安全生产管理工作；承办上级交办的其他事项。设2个内设机构，分别为：综合科（项目管理科）、投资服务科（招商科）。
五、设立江苏海安软件科技园管理办公室。主要职责：负责江苏海安软件科技园建设和管理工作；统筹软件产业招商工作，加快发展软件企业和服务外包工作；引进和培育高新技术企业和创新型人才、促进科技成果转化、培育创新创业人才和提高自主创新能力，加强产学研合作，提供产品开发平台和测试平台，提供开发条件、资金筹措和指导性管理等各种服务；为入驻园区的高新技术企业、软件研发企业和服务外包企业提供政策扶持、孵化场地支持和物业管理服务，帮助企业申报相关科技计划、双软资质、创新资金等工作，营造有利于企业发展的环境和条件；承办上级交办的其他事项。设1个内设机构：综合科。
六、设立海安523文化产业园管理办公室。主要职责：负责海安523文化产业园园区日常管理，负责园区综合协调、档案管理和信访等工作；负责园区日常运行考核、优惠政策兑现工作；负责园区文化产业项目成果推广、转化和展示工作；负责园区财务、后勤管理、安全、环保等工作；负责园区重大活动组织，负责园区政府采购、招标及园区基础工程建设管理工作。负责投资服务工作，负责园区文化产业项目招引、投资服务活动的组织及宣传推介，负责园区内文化产业项目及载体的服务；负责园区投资考核对接工作；承担海安市523文化产业园发展工作领导小组办公室日常工作；承办上级交办的其他事项。